En un inicio se llamó San Miguel de Aguayo de la Nueva Tlaxcala, en honor al Marqués de San Miguel de Aguayo. Actualmente, este pueblo lleva por nombre Bustamante, por el militar Anastasio Bustamante, quien llegó a ser presidente de la República Mexicana. Su fundación fue en 1686, gracias a 30 familias de indios tlaxcaltecas encabezadas por Melchor de Cázares, Francisco de la Corona, Blas Gregorio y Lucas Marcos.